První zmínky o Borovanech pochází již z roku 1186. Koncem 13. století vlastnil Borovany rod Vítkovců. Roku 1327 získal vesnici Vilém z Landštejna, jehož syn Vítek ji roku 1359 prodal Rožmberkům, čímž se stala součástí novohradského panství. Ke konci 14. století se v Borovanech vystřídalo několik majitelů, až se ve 30. letech 15. století Borovany dostaly do majetku Petra z Lindy. Pocházel z Holandska a v Čechách sídlil v Českých Budějovicích. Část borovanského panství si koupil ve snaze dostat se mezi místní drobnou šlechtu. Po smrti jediného syna daroval Petr z Lindy svůj majetek borovanskému klášteru. Tento klášter řádu augustiniánů kanovníků založili Petr z Lindy s manželkou Annou dne 16. října roku 1455 na místě farního kostela ze 14. století pro jednoho převora a šest kanovníků, kteří přišli z Třeboně. Později se jejich počet rozrostl. Jejich kostel byl zasvěcen Navštívení Panny Marie.

Po smrti zakladatelů ve 40. letech 15. století převzal augustiniánský klášter pod svoji ochranu Jan z Rožmberka. V 1. pol. 16. století klášter začal upadat do dluhů a do sporů se sílící komunitou luteránů. Roku 1557 byl zasažen morovou epidemií, při které zemřel poslední probošt Šimon a v následujícím roce i administrátor Jeroným. Budoucnost řeholníků tak měl zcela ve své moci Vilém z Rožmberka, který dosadil do funkce "svého" probošta Matěje Kozku z Rynárce a vyjádřil se, že žádné dluhy za klášter již nezaplatí. Nový probošt přestal přijímat nové řeholníky, roku 1564 svou funkci složil a klášter byl zrušen. Roku 1578 byly Borovany, kterých se ujali Rožmberkové, povýšeny na město. 

Po vymření Rožmberků v roce 1611 zdědili jejich panství včetně Borovan Švamberkové. Avšak ti o svůj majetek přišli za účast na stavovském povstání a borovanské panství připadlo císaři a později zdejšímu klášteru, který byl císařem Ferdinandem II. roku 1630 obnoven. Řád augustiniánů ještě po zavedení církevních reforem Josefa II. věřil v pokračování činnosti, a proto 21. května 1784 zvolil nového probošta, Arnošta Steina. Ten se šesti kanovníky a sedmi laiky musel klášter 14. listopadu roku 1785 opustit. Zrušený klášter koupili Schwarzenbergové, jeho prelaturu přestavěli na zámek, který byl jejich letním sídlem. Roku 1850 se Borovany staly samostatnou obcí a roku 1973 obdržely status města. 

Na severní straně náměstí byla v roce 1685 postavena barokní radnice. Ještě v 1. pol. 19. století zde stály tři samostatné objekty, na začátku 80. let 20. století byl komplex budov částečně zmodernizován. Radnice je dnes ukázkou zlidovělého jihočeského baroka. Na průčelí je vymalován městský znak a obraz sv. Floriána. Před vchodem je kamenný mezník z roku 1685, přenesený sem z hranic někdejšího klášterního majetku. Na náměstí je dále pranýř z roku 1656, pomník Jana Žižky z roku 1892, poškozený nacisty v roce 1940 a socha sv. Jana Nepomuckého z let 1730 - 1740.

Kostel Navštívení Panny Marie

Kostel je součástí Borovanského kláštera (zámku). Jeho založení probíhalo v roce 1455, jeho dokončení kolem 3. čtvrtiny 15. století. Založen byl Petrem z Lindy na místě původního farního kostela sv. Václava (připomínaného v roce 1339). V 18. století zde proběhly barokní přístavby (věž roku 1729 a klenba presbytáře roku 1746). 

Na severní straně přiléhá ke kostelu klášter - ze 3. čtvrtiny 15. století, byl vybudován po roce 1466 (po smrti zakladatele za patronátu Rožmberků). Křížová chodba je klenutá síťovými žebrovými klenbami předhusitských vzorců. V patře jsou pozdně gotické pravoúhlé portály s okoseným ostěním a diamantovými patkami. Jedná se o jediný příklad jihobavorského vlivu u nás.

Kostel je 32,68 m dlouhý, 8,10 m široký a 12,2 m vysoký. Z každého koutu vystupují dvě silná, hruškovitě profilovaná žebra rozvětvující se v čtyřcípou hvězdovou klenbu s vloženým obrazcem. Od hlavic pilastrů se rozvětvují hruškovitě profilovaná žebra síťové klenby, ve vrcholech se nachází několik svorníků různé velikosti a podoby. Presbytáři nejbližší, veliký lichoběžníkový, svorník nese znak Petra z Lindy. Následující se ozdoben jetelovým čtyřlistem, třetí trojlistem a ve čtvrtém je otvor. Strop tvoří báňovitá klenba, zdobená zašlými freskami. Nad sakristií se nachází oratoř se dvěma okny ven, dvěma menšími okny do prostoru kostela a dveřmi vedoucími přes emporu na kazatelnu Škapulířové kaple. Oratoř je spojena se sakristií kamenným točitým schodištěm, vedle kterého jsou zároveň dveře vedoucí do prostor horního patra kláštera. 

Ve vnitřních prostorách kostela Navštívení Panny Marie jsou umístěny tři oltáře. V čele kostela, na jeho podélné ose, se nachází hlavní oltář z roku 1679. Jako další lze vidět po stranách novogotický oltář sv. Anny z roku 1861 a také oltář sv. Maří Magdaleny z 18. století. Nachází se zde taktéž sochy sv. Ludmily a Piety z pozdně gotického období. V průběhu 18. století byly do kostela pořízeny nové varhany, za kterými se nacházejí místa pro sezení chóru. Dalším příbytkem vybavení byla kamenná křtitelnice a nástropní freska v presbytáři. Tuto desku zhotovil známý jihočeský malíř František Jakub Prokyš.

Po levé ruce před vstupem do oratoře najdeme dveře vedoucí k dřevěnému schodišti do věže se třemi zvony (Zvon Nejsvětější Trojice z roku 1498 má průměr 105 cm, výšku 84 cm a na plášti je vyobrazen sv. Jan Evangelista, dva menší zvony byly roku 1892 přelity v Českých Budějovicích - zvon sv. Václav z roku 1437, průměr 73 cm, hmotnost 245 kg, na plášti čtyřhranný reliéf, v němž je vyobrazen kříž a na jeho koncích pelikáni, u patky je lebka a po stranách P. Maria a sv. Jan Nepomucký, nahoře jsou andělé s odznaky slunce a měsíce a zvon Panny Marie o průměru 69 cm a váze 200 kg).

Škapulířová kaple - byla postavena k severní straně kostelní sakristie v roce 1747, kde se pod podlahou nalézají základy středověké kaple Panny Marie Kramelské. Tato kaple je přístupná také z křížové chodby kláštera. Nad lavicemi se nachází cibulová báň, zdobená nástropní freskou a nad oltářem je křížová klenba s freskami andělíčků. Oltář má vyřezávané antické motivy. Tvarosloví portálu a také to, že není umístěn na osu klenebného pole ambitu, ukazuje, že kapitulní síň byla dokončena kolem roku 1490, v době, kdy ještě nestálo východní křídlo křížové chodby.

Z neveliké stavby bývalého konventu stojí za zmínku ambit, do něhož se vstupuje z kostelní lodi zmodernizovanými dveřmi prolomenými v severní zdi. Čtvercová chodba, 4 m široká, obkličuje 10 m dlouhé a široké nádvoří. Do tohoto nádvoří z líce zdi vystupují, po každé straně, dva široké opěrné pilíře. Pilíře, sokl, ostění i oblouky jsou čistě provedeny z jemného granulitu. Rovněž jsou provedeny rozmanitě s hravým tvarem klenby ambitu. V jižním křídle, z jehož stěny vynikají slabé trojboké kostelní přípory, je hvězdová klenba, zdobená na svornících erbem Petra z Lindy a pětilistou růží, v západním křídle je poloviční hvězdová klenba, jejíž konzoly jsou zapuštěny na jedné straně v pilířích, na druhé ve stěnách proti osám oken. V severním a východním křídle jsou klenby síťové se spletenými žebry v rohových polích.

Borovanský klášter (zámek)

Klášter augustiánů kanovníků založil roku 1455 Petr z Lindy, bývalý služebník Rožmberků, povýšený toho roku do šlechtického stavu. K rozhodnutí založit nový klášter jej vedlo úmrtí jediného syna. V Borovanech v té době již byl farní kostel Navštívení Panny Marie, a proto na jeho místě vznikl i augustiniánský klášter. Dne 10. srpna roku 1455 povolil král Ladislav Pohrobek stavbu kostela a prozatímních klášterních budov. Podle Jaroslava Kadlece však stavbu povolil až 20. října 1455 místodržící v Čechách Jiří z Poděbrad. O tři roky později, 9. září 1458, potvrdil založení nové církevní instituce papež Pius II. Větší část stavby byla hotova v roce 1461. Šlo o dílo podunajské rožmberské huti, ale jména stavitelů nejsou známa. Klášter převzal do svého znaku Lindův erb v podobě černo-zlatého štípeného štítu a na něm zelenou lipovou ratolest se dvěma listy.

Ke klášteru patřilo mnoho pozemků: ves Hluboká a Nesměň, les Kuchyňka a Hájek a sedm rybníků s mlýnem a částí říčky Stropnice. Po Petrově smrti připadly klášteru ještě další pozemky. Souhlas se založením kláštera udělil a předchozí královské a papežské výsady potvrdil 15. března 1461 písemně král Jiří z Poděbrad.

V březnu roku 1461 přišel do Borovan probošt Zikmund (+ před 28.01. 1464) s šesti bratry augustiniány-kanovníky a založili první tamní kanonii. Přišli z kanonie v Třeboni, kde řád působil pod patronátem Rožmberků skoro sto let. Vysvěcení svatostánku v kostele Navštívení Panny Marie se uskutečnilo 14. října 1464 za probošta Valentina. Stavební práce skončily až na sklonku 15. století. 

Počátek života borovanské klášterní komunity byl naplněn prosperitou, klidný a beze sporů. Až na začátku 16. století začaly roztržky mezi proboštem Jakubem (1508 - 1517) a řádovými bratry. Klášter začal pomalu upadat kvůli dluhům, sporům se sousední šlechtou a šířením protestantské víry. Po polovině 16. století vymřeli řádoví bratři na mor a roku 1577 zemřel i šestý probošt Šimon. Vilém z Rožmberka dosadil do čela kláštera prozatímního správce Matěje Kozku z Rynárce (1558 - 1564), kterému se nepodařilo ekonomický úpadek kláštera zastavit a přestal přijímat nové bratry. Protože byl klášter v zoufalém stavu, Vilém ho v roce 1564 zrušil a ujal se správy kostela. V 1. pol. 17. století se začala situace lehce zlepšovat a v roce 1630 podnikl císař Ferdinand III. první kroky k obnovení borovanského kláštera. Dne 13. března 1630 uzavřel smlouvu s proboštem kláštera v Klosterneuburgu, že odtamtud budou vysláni dva bratři do Borovan. V roce 1651 byly dokončeny opravy budov a o sedm let později přišli do kláštera augustiniánští bratři a 18. listopadu 1662 byl dosazen probošt Georga Janda (+ 18. května 1670). Augustiniánská komunita byla zrušena dvorským dekretem císaře Josefa II. dne 14. listopadu 1785. Kostel byl přeměněn na farní a došlo k potvrzení prvního borovanského faráře Schwingenschlegla. V roce 1787 pozemky, budovy a celý majetek koupil kníže Jan ze Schwarzenbergu a prelaturu přestavěl na zámek - letní rezidenci svého rodu.

Při pozemkové reformě ve 20. letech 20. století měl být schwarzenberský majetek v Borovanech rozparcelován a rozprodán. V této době projevilo zájem o prodej několik možných kupců, například zástupci Ústředního svazu nemocenských pokladen, štábní kapitán Musílek nebo cestoval Joe Hloucha. Zámek byl v dobrém udržovaném stavu, v tehdejších popisech se zmiňovalo, že měl ve všech místnostech podlahy a kamna, pod střechou zachovalý krov, byl částečně podsklepen a patřila k němu velká zahrada.

Nejvážnějším zájemcem byl Joe Hloucha, jehož jméno připomíná pozdějšího budějovického biskupa Josefa Hloucha. Tyto osoby však nemají nic společného. Hloucha byl známý svým zájmem o asijské umění a zejména Japonsko, které procestoval v letech 1906 a 1926. Nashromáždil velké sbírky uměleckých a historických předmět a ve dvacátých letech intenzivně řešil prostorové umístění svých neustále se rozrůstajících sbírek. Zámek v Borovanech byl pro něho vhodným objektem, proto si v polovině února 1924 přijel osobně celý objekt prohlédnout. V okamžitém prodeji celého objektu bránilo nedořešené vystěhování obyvatel a provozů. Bydleli zde lesní správce, nájemce dvora, kočí, vrátný a nacházely se zde kanceláře v nájmu lesní správy, cihelny a cvičební místnost Orla. K prodeji slavnému cestovateli nakonec nikdy nedošlo. Odpověď nenabízí ani nalezené archivní prameny. Ještě v průběhu roku 1924 si Joe Hloucha pořídil vilu v Roztokách za severním okrajem Prahy, kterou upravil v japonském stylu a nazýval ji Sakura. Zámek tak zůstal v majetku Schwarzenbergů až do roku 1939, kdy ho koupila borovanská obec. V prostorách zámku byla v letech 1940 až 1997 základní škola.

Zrekonstruovaný zámek byl v roce 2010 opět otevřen. V areálu zámku se nyní nachází kavárna a od roku 2013 borůvková zahrada, kde je vysazeno osm druhů kanadských borůvek. Dále také bylinková zahrada, knihovna Augustina Dubenského nebo kinosál. Od rekonstrukce probíhá v zámku každý měsíc řada kulturních akcí, například výstavy, koncerty a každoroční borůvkové trhy.

Pověst: Během třicetileté války proběhly 3. dubna 1619 boje i v Borovanech. Traduje se, že vojáci zpustošili kostel a odvezli odtud tři největší zvony, které prodali v Českých Budějovicích. Jeden ze zvonů zlodějům spadl z vozu a potopil se hluboko v bahně, kdy za sebou zanechal bezednou studánku. Říkalo se jí Haltýř a skutečně existovala.